Ketika kabar syahid al-Baqir menyebar ke sudut-sudut kota Madinah, kalbu para pecinta Ahlul Bait pun diliputi duka yang mendalam. Mereka tak akan lagi bisa melihat wajah suci penuh kasih cucu Rasulullah Saw itu. Mereka juga tidak akan bisa lagi mendengar lantunan indah bacaan Alquran Imam Baqir a.s. di balik dinding Masjid Nabawi.
Keadaan ini begitu menyesakkan hati sahabat dekat dan keluarga Imam a.s. Namun tak ada yang lebih merasa duka ketimbang Jabir bin Yazid Ju’fi. Bagi Jabir, sungguh berat ditinggalkan Imam Baqir a.s. Jabir selalu mengingat pesan pertama yang langsung didengar dari Imam a.s. Sebuah pesan yang membuatnya semakin teguh untuk mencari ilmu dan makrifah. Imam Baqir berkata, “Carilah ilmu, karena mencari ilmu adalah perkara yang baik. Ilmu adalah pemandumu dalam kegelapan, penolongmu dalam kesulitan, dan sahabat yang tak ternilai bagi manusia.”
Imam Baqir a.s. hidup di masa yang juga dikenal sebagai era penerjemahan pemikiran filsafat asing. Di masa itu, pelbagai kajian dan perdebatan ilmiah juga berkembang pesat. Selain itu, beragam aliran pemikiran sesat kian marak di masa itu. Di tengah suasana seperti itu, Imam Baqir a.s bersama putranya Imam Jakfar Shadiq a.s. mengemuka bak penerang yang menyibak tirai-tirai kebodohan dan kegelapan.
Pada masa itu, Imam Baqir a.s. menerapkan strategi revolusi kultural melalui penyebaran dan pengembangan Islam. Dengan seluruh daya upayanya, Imam Baqir berusaha menyelamatkan umat dari kesesatan dan kegelapan dengan menyusun dan menghimpun kembali ajaran Islam yang diwariskan Rasulullah Saw.
Imam Baqir membangun pondasi madrasah keilmuan dan budaya. Kelak, pondasi itu terus dilanjutkan pembangunannya oleh putra beliau, Imam Jakfar Shadiq a.s. Perjuangan ilmiah dan reformasi kebudayaan yang dijalankan Imam Baqir a.s. di masa-masa akhir abad pertama hijriah, sejatinya merupakan pengantar untuk mengaplikasikan pemikiran dan nilai-nilai Islam serta meningkatkan kecerdasan umat. Untuk itu, Imam Muhammad bin Ali Zainal Abidin a.s. dikenal dengan julukan Bagir Al-Ulum, sang penyibak ilmu pengetahuan.
Imam Baqir meski sibuk melakukan aktivitas keilmuan dan budaya, namun tidak melalaikan masalah politik dan sosial. Beliau selalu memprotes penguasa lalim dan penindas. Demi menyadarkan masyarakat, Imam Baqir menjelaskan kriteria pemimpin yang adil dan saleh sehingga masyarakat bisa mengukur para penguasa dengan standar itu dan memahami kelemahan serta penyimpangan mereka.
Pertama, pemimpin haruslah seorang yang saleh sehingga ketakwaan bisa menjaganya dari keterlenaan akibat nikmatnya kekuasaan seperti melakukan perbuatan menyimpang. Kedua, pemimpin haruslah orang yang sabar supaya bisa menjinakkan kemarahannya. Ketiga, pemimpin haruslah orang yang bersikap baik layaknya ayah bagi masyarakat yang dipimpin.
Pemimpin Besar Revolusi Islam Iran atau Rahbar, terkait Imam Baqir mengatakan, Imam Baqir yang memimpin sekitar 18 tahun, adalah teladan sempurna kerja keras, perjuangan, serta jihad tak kenal lelah dan pelik dalam menyebarluaskan agama, kalimat kebenaran dan menggulirkan gerakan pemikiran benar di dunia saat itu.